Přesná příčina vzniku aftů není stále objasněna, avšak lze předpokládat, že se na ní podílí několik rizikových faktorů či jejich kombinace.
Mechanické narušení sliznice
Existuje nespočet možností, jak si přivodit drobné zranění na ústní sliznici. Někdo zahání obavy úmyslným kousáním, avšak většinou se jedná o náhodné zranění během konzumace jídla. K podráždění tvrdšími potravinami, jako jsou např. hranolky. Neplechu poměrně často natropí i ulomený zub, který svými ostrými okraji odírá přilehlou sliznici. Obdobně se mohou chovat i rovnátka nebo špatně sedící zubní protéza. Viníkem však může být i samotná hygiena, neboť poranit sliznici mohou i příliš tvrdé štětiny zubního kartáčku.
Nutriční faktory
Ústní sliznice se vyznačuje poměrně rychlou obměnou buněk a trpí-li organismus nedostatkem nějakého základního stavebního prvku, odrazí se to jako první zde. Nejčastěji se tak odráží nedostatek kyseliny listové, železa a vitamínů B, obzvláště pak B12. K podráždění může dojít i vlivem některých ostrých potravin, zvláště jedná-li se o kořeněná jídla či citrusové plody. Možným rizikovým faktorem je i alergie na některé složky potravin - kyselina benzoová, sorbitol a gluten.
Oslabení imunitního systému
Imunitní systém tvoří bariéru mezi tkáněmi našeho organismu a útočícími parazity v podobě virů, bakterii a plísní. Ve chvíli kdy dochází k jeho oslabení jsme mnohem náchylnější k infekčním nemocem, jenž způsobují, afty nevyjímaje. Imunitní systém reaguje i na naši psychiku a tak za jeho oslabením může stát i stres či nedostatek spánku.
Hormonální vlivy
I když není přímé prokázání mezi afty a hormonálními výkyvy, lze konstatovat, že jistá souvislost mezi nimi bude. S výsevem těchto vřídků se ženy mnohem častěji setkávají během těhotenství. Krom změny hladin hormonů však sehrává nejspíše podstatnější roli zvýšená spotřeba vitamínů, jenž se navíc v průběhu gravidity mění.
Další onemocnění
Afty mohou být pouze příznakem jiného onemocnění souvisejícího s narušením imunitního systému (HIV) či střevního onemocnění narušujícího vstřebávání látek (Celiakie, Crohnova choroba)